Когда Чарльз Дарвин публиковал первое издание книги «Происхождение видов» в 1859 г., он представлял себе большое эволюционное «дерево» организмов, непрерывно связанных между собой различными переходными формами. Кроме того, он полагал, что жизнь постоянно меняется с течением времени по мере изменения различных экологических и климатических условий, и при этом выживает только наиболее сильное и приспособленное потомство. В то время палеонтология была относительно молодой наукой, и Дарвин осознавал, что ископаемая летопись пока не подтверждала его теорию. Поэтому он предсказывал, что будут найдены многочисленные ископаемые «промежуточные звенья», постепенно ведущие к животным, которые известны нам сегодня. Дарвин не предсказывал, что организмы, находящиеся на низших таксономических уровнях, будут оставаться неизменными на протяжении длительных промежутков времени. Он полагал, что их морфология (или форма тела) будет постепенно меняться (или эволюционировать).

Центральная идея эволюции состоит в том, что все виды живых организмов на Земле имеют общего предка и с течением времени эволюционировали друг от друга в ходе ненаправленного и неуправляемого естественного процесса. Такую ненаблюдаемую разновидность эволюции «от амебы к человеку», охватывающую сотни миллионов лет, называют макроэволюцией, в отличие от сравнительно небольших изменений, наблюдаемых среди особей одного вида. Эволюционисты обычно называют эти небольшие изменения «микроэволюцией»; при этом по умолчанию предполагается, что на протяжении огромных промежутков времени такие изменения постепенно суммируются, производя макроэволюцию. Таким образом, эволюционисты ищут свидетельства этих постепенных шагов, которые обычно называют «переходными формами», предполагая, что они представляют собой этапы превращения одного вида организмов в другой.