Самая серьезная проблема этой весьма популярной теории механизма эволюции состоит в том, что мутации сами по себе предполагают сотворение. Мутации — изменения в уже имеющихся генах. Чтобы измениться, ген для начала должен существовать. В результате любых мутаций возникает видоизмененная форма уже существующего гена, то есть происходит изменение внутри сотворенного рода, чего и следует ожидать с точки зрения креационной модели. Креационная модель подразумевает, что изначально гены сотворенных родов были безупречны, а со временем начали ухудшаться; именно поэтому у людей постепенно возрастает число дефектов, вызванных генетическими мутациями. Тот же рост энтропии с течением времени наблюдается во всех закрытых, а также в большинстве открытых систем.

Эволюционная теория не в состоянии объяснить, например, эволюцию симбиотических отношений, стереоскопического зрения и т. д., поскольку для такой эволюции потребовались бы тысячи сложных и взаимодополняющих полезных мутаций. Как бы медленно ни протекали кардинальные структурные изменения, суть состоит в том, что наблюдать их невозможно; следовательно, любые выводы на эту тему умозрительны. Именно затем — чтобы «доказать» макроэволюцию — Дарвину было так важно найти промежуточные формы в летописи окаменелостей (см. главы 6 и 9 «Происхождения видов»).

Вкратце логику эволюционистов можно выразить так: «Птицы ловят больше темных мотыльков на светлом фоне и больше светлых мотыльков на темном фоне; поэтому рыбы эволюционировали в земноводных, земноводные — в пресмыкающихся, а пресмыкающиеся — в птиц и млекопитающих, в том числе человека».